Przed latami pięćdziesiątymi XX wieku Muzeum Archeologiczne w Krakowie nie miało własnej siedziby. Na początku swojego istnienia, ówczesne Muzeum Starożytności Krajowych, znajdowało się w Bibliotece Jagiellońskiej przy ul. św. Anny 8. Dopiero w 1864 roku, razem z innymi instytucjami należącymi do Towarzystwa Naukowego Krakowskiego, zostało przeniesione do nowo wybudowanego gmachu TNK przy ul. Sławkowskiej 17 (wejście od strony ul. św. Jana 22), gdzie funkcjonowało przez ponad 100 lat. Zbiory muzeum stale się powiększały, a brakowało miejsca do ich przechowywania i prezentacji. Sale wystawowe nie spełniały wymogów ekspozycyjnych.
W wyniku wieloletnich starań dyrekcji muzeum, w 1954 roku władze Krakowa przekazały na jego cele kompleks budynków byłej więziennej przy ul. Poselskiej i Senackiej. Ten zespół klasztorny karmelitów bosych, wzniesiony w XVII wieku i przekształcony w więzienie oraz siedzibę sądu w 1797 roku, został dostosowany do potrzeb muzealnych. W latach 1958-1966 przeprowadzono tam generalny remont i dostosowano obiekty do celów muzealnych. Powstało zaplecze magazynowe, pracownie badawcze i konserwatorskie, oraz ciąg wystawowy.
