Muzeum URK dokumentuje historię uczelni i dorobek naukowy ludzi, którzy ją tworzyli. Bogaty i różnorodny zbiór eksponatów obejmuje m.in. fotografie, portrety, albumy, medale pamiątkowe, dyplomu honorowe, legitymacje, odznaczenia, sztandary i pamiątki osobiste. W dziale technicznym gromadzone są wagi, przyrządy optyczne, geodezyjne, pomiarowe, meteorologiczne, fotograficzne, kinematograficzne oraz komputery. Wiele obiektów z kolekcji zostało opisanych w Katalogu zbiorów Muzeum Uniwersytetu Rolniczego w Krakowie. Instrumenty i aparaty, wydanym w roku 2016.

Muzeum posiada zbiór książek z lat 1890–1949 autorstwa znanych profesorów uczelni, m.in. S. Czarnowskiego, W. Kleckiego, A. Różańskiego, S. Schmidta, S. Surzyckiego, W. Vorbrodta, J. Włodka. Cenną pamiątką jest księgozbiór profesora Kazimierza S. Roupperta, botanika, dziekana Wydziału Rolniczego UJ, osiadłego po wojnie w Londynie. W zbiorach Muzeum znajdują się także ryciny, grafiki, obrazy, w tym dzieła krakowskich artystów, np. Stefana Matejki (bratanka Jana).

Program Nocy Muzeów w Muzeum Uniwersytetu Rolniczego:

• godz. 16:00 – 22:00 – (wejście dla zwiedzających co pół godziny od godz. 16:00) / wstęp bezpłatny
• godz. 16:00 – oprowadzanie po wystawie „Najciekawsze eksponaty w zbiorach Muzeum URK” / mgr Danutan Gajewska – opiekunka zbiorów muzealnych Uniwersytetu Rolniczego w Krakowie.